单细胞DNA测序,开启NGS肿瘤单细胞诊断新征程

 

语】单细胞测序成为学术界公认的突破性技术同时,有一个问题正在被忽视。今年国内首个三代试管PGS检测试剂盒获NMPA批准,标志着单细胞DNA测序在临床首个应用产品的成熟。另外,在临床肿瘤领域,单细胞DNA测序正在赋能NGS液体活检,开启肿瘤单细胞诊断STC (Single Tumor Cell Dx) 的新征程。

 编辑 | 罗湘  审核 | 布三少
  关键词 | 单细胞DNA测序 肿瘤诊断
 
 
一、被忽视的正在临床应用阶段的单细胞DNA测序
 

 

图1:Nature特设单细胞专刊

(来源/Nature,浚惠生物)

 

 

2017年7月,Nature特设单细胞专刊,在其中的重磅综述文章中提到:未来10年,单细胞基因组学检测将成为临床的常规检测项目。目前,由于市场教育的滞后性,业界所称的单细胞测序往往指的是以10x Genomics代表的高通量单细胞RNA测序,而忽视了单细胞DNA测序;然而,前者仅应用于科研,后者在肿瘤及生殖单细胞DNA测序的临床价值及其潜力,是蕴含宝藏的蓝海。

 

近年,国际资本持续加码单细胞DNA测序。例如,今年1月,单细胞全基因组扩增技术公司BioSkryb获得1150万美元种子轮融资;8月,Mission Bio获得安捷伦和LabCorp等投资的C轮7000万美元,推动其靶向单细胞DNA测序和多组学检测平台。

 

 

二、单细胞DNA测序比RNA测序更早进入临床
 

 

在谈到单细胞DNA测序技术之前,我们先看看分子生物研究和应用的核心定律——中心法则。对于大多数生物来说,尤其是智人(Homo sapiens),如果说RNA是生命遗传信息的“传话筒”,DNA则是储存生命遗传的最原始信息。

 

 

图2:中心法则(来源/公开资料 )

 

 

单细胞测序,分为单细胞DNA测序(单细胞基因组测序)和单细胞RNA测序(单细胞转录组测序)。根据中心法则,蛋白的检测相当于检测盖好的楼房(功能单位),在组织和脱落细胞上,过去几十年来,已经发展了多达几百种检测蛋白的免疫组化和免疫荧光试剂获批,被广泛用于肿瘤的鉴定和分类;RNA检测就像检测在楼房和蓝图中间的“脚手架”阶段,DNA检测相当于检测盖房子的“蓝图”。

 

单细胞RNA转录组测序技术由汤富酬教授发明;随后以10x Genomics为代表的企业发明了高通量单细胞RNA测序技术。主流的高通量单细胞RNA全转录组预扩增技术,通过barcode拆分细胞时只能获取转录本3’端数据,只适用于分析基因表达量,检测较少数量的基因 (1000-2000个基因),不满足分析基因转录本全长。同时对于肿瘤组织, RNA检测用于诊断缺乏对应的“金标准”。因此,目前的单细胞RNA测序技术主要偏重于基础科学研究,在临床上应用受限。

 

而肿瘤单细胞的DNA检测和ctDNA的检测类似,都属于肿瘤的微量DNA检测,通过和“金标准”——肿瘤组织DNA检测的一致性对比,成为补充肿瘤组织检测的稀有DNA检测方法,应用于辅助诊断和伴随诊断等,近几年在临床上的应用不断获得FDA和NMPA认可。

 

肿瘤单细胞DNA测序技术应用于临床诊断的难度较高,需要突破一系列瓶颈环节。

 

 

三、单细胞DNA测序的产业化加速
 

 

图3:CTC分析肿瘤异质性
(来源/doi:10.1038/s41568-019-0180-2)
 
 
通过单细胞技术,对肿瘤细胞的分子分析可以对肿瘤异质性进行定性和监测,而常规组织测序(Bulk Sequencing)无法揭示这些差异。肿瘤单细胞测序可以提供更丰富的DNA、RNA、蛋白质和代谢物信息,为更精准地诊断和发现癌症转移起始细胞(metastasis-initiating cells)等带来全新的工具。 
 
肿瘤单细胞DNA测序的一般工作流程概述如下:
 

图4:肿瘤单细胞DNA测序工作流程(来源/基因慧)
 
 
其中肿瘤单细胞的鉴定、自动的分选/分离、以及肿瘤单细胞WGA(全基因组扩增)都存在技术的挑战。解决这些难题,才能为单细胞DNA测序进入临床铺平道路,将为肿瘤诊断带来前所未有的分辨率,为NGS和液体活检带来新的机遇。
 
近年,肿瘤单细胞DNA测序技术正在取得一系列突破:
 
 

图5:单细胞DNA测序技术回顾
(来源/基因慧整理)
 
 
单细胞DNA测序技术在下游应用开发领域主要包括生殖健康和肿瘤。基于2010年前后NGS测序平台上发展起来的单细胞技术,进入临床广泛应用的标志性事件是,单细胞DNA测序技术应用辅助生殖PGS/PGD获得NMPA批准。
 
2020年2月,生殖健康领域的贝康医疗的PGT-A试剂盒获得NMPA的批准进入临床检测。它利用胚胎囊胚期细胞进行植入前染色体异常检测方法,根据贝康医疗报道:采用了“全新的单细胞建库方法BaseMTLP,可将单细胞扩增方法和测序前处理融为一步操作,整个检测过程控制在8小时内”。“一次性对胚胎进行低深度全基因组测序,并利用特定算法对受检胚胎的23对染色体非整倍性及一定大小的片段缺失重复进行筛查”。
 
 

 
图6:单细胞DNA测序的开创者Nicholas Navin
(来源/MD Anderson Cancer Center)
 
 
另一方面,在肿瘤领域,单细胞DNA 基因组测序的开创者——来自美国德克萨斯大学MD Anderson癌症中心Nicholas Navin,早在2011年绘制出肿瘤内细胞多样性及其相互作用方式的图谱。Nicholas Navin认为:“单细胞测序是一项非常强大的技术,可以帮助人们发现肿瘤细胞里的基因组变异。”
 
国内,以浚惠生物为代表,开发的单细胞DNA测序技术平台获得NMPA第二类医疗器械产品注册证,正推进相关单细胞诊断试剂盒的研发。
 

图7:液体活检之父Klaus Pantel

 
2019年8月Nature Review Cancer的一篇综述中,液体活检之父Klaus Pantel提到:Single-cell technologies have contributed to unravelling tumour heterogeneity, now considered a hallmark of cancer and one of the main causes of tumour resistance to cancer therapies. “单细胞技术已经大大助力揭示肿瘤的异质性,异质性已经被视为癌症的一个根本的标志,也是肿瘤对癌症疗法产生抗药性的主要原因之一”。
 
肿瘤单细胞基因异质性的临床应用亟需高质量的单细胞DNA测序,来区分肿瘤单细胞SNV或CNA之间的差异,用于更加精准的肿瘤诊断。
 
 

图8:单细胞DNA测序技术产业图谱
(来源/基因慧整理)
 
 
目前,国内外单细胞DNA测序技术临床产品化飞速发展,虽然单细胞DNA测序技术还没达到产业或行业的规模,但已初具完整产业链,包括上游的单细胞分选建库与单细胞DNA测序、中游的单细胞DNA生物信息分析以及下游的应用开发(产业图谱见图8)。其中,提供端对端整体解决方案的企业较少,国内企业更加稀少,具有代表性的企业包括浚惠生物等。
 
 
四、提供临床单细胞DNA测序端对端解决方案——浚惠生物
 
 

 

图9:浚惠生物阎灼辉在克利夫兰

全球医学创新峰会上作单细胞测序报告

 

 

作为全球首批、国内首个应用单细胞DNA测序技术,并开始进入临床的肿瘤单细胞诊断公司,浚惠生物拥有领先的硬核技术和丰富的产品线。2019年10月,浚惠生物受邀参加克利夫兰诊所举办的全球医学创新峰会,并作为中国唯一一家企业上台分享,并与克利夫兰诊所达成了临床转化合作意向。众所周知,克利夫兰诊所的泌尿外科连续多年排名美国第一。


浚惠生物创始人兼CEO阎灼辉在会上提到:“单细胞DNA测序更贴近临床,特别是肿瘤单细胞DNA测序将进入新的快速发展阶段。”获得与会专家的认可。
 
 
1)技术研发的突破
 

图10:施奇惠研究员在PNAS发表的研究成果

 

 

肿瘤细胞缺乏有效的标志物、分离富集稀有单细胞难度大、稀有单细胞与癌症发生、转移关系不明确等问题,是稀有肿瘤单细胞领域一直以来面临的比较大的瓶颈问题。 
 
2017年,复旦大学生物医学研究院研究员、浚惠生物公司的科学顾问施奇惠教授,在PNAS(美国科学院院刊)上发文(被全球权威专家Richard Light推荐为F1000优秀论文,入选率低于2‰),提出和PET-CT相同检测原理的葡萄糖代谢标志物可以很好的鉴别出稀有肿瘤单细胞,突破了原本液体活检中、稀有肿瘤细胞检测缺乏高特异性标志物的瓶颈。
 
基于Warburg效应(有氧条件下癌细胞倾向于将葡萄糖代谢为乳酸,也称有氧糖酵解)和单细胞DNA测序技术,这一发现在全球开创了体液样本鉴别肿瘤单细胞的一种突破性创新技术。
 
施奇惠教授:“体液(尿液、胸腹水、脑脊液、血液等)中的稀有肿瘤细胞可反映肿瘤原发或转移病灶的分子信息,同时也是肿瘤或肿瘤转移存在的高级别、可视的证据。结合特异性的蛋白标志物和单细胞DNA测序技术,可以为临床诊断提供无(低)创、高灵敏的诊断工具”。
 
 
2)产品报证:首个单细胞图像分析自动分离仪获得II类注册证
 

图11:单细胞图像分析自动分离仪

 
 
以上研究和多项专利成为浚惠生物的技术基础,使其在单细胞检测上走在了临床应用转化的前列,研发出了单细胞自动分析仪器、和检测试剂。今年5月21日,浚惠生物“单细胞图像分析自动分离仪seq-PET平台”正式取得NMPA第二类医疗器械产品注册证。 
 
这是目前为止国内外批准的第一款临床级应用的单细胞检测仪器,标志着单细胞DNA测序开始迈进肿瘤临床市场——肿瘤单细胞诊断STC (Single Tumor Cell Dx)。
 
 
3)四大应用场景蓄势待发
 
本次获批的单细胞诊断seq-PET平台,是浚惠生物开展临床应用工作的基础,根据尿液、体液、血液和宫颈粘液四类不同的样本,已经形成了该平台的四大辅助诊断应用场景:
 

· 尿液无创检测膀胱癌的产品已获NMPA认证,在解决膀胱癌、肾盂肾癌、输尿管癌等疑难病例的诊断中深受临床医生的欢迎,并将进一步突破膀胱癌无创筛查的难题,为全球膀胱癌的早诊、早治提供“中国方案”,产品目前已进入医院销售; 

 

 · 体液多癌种检测的试剂盒已完成NMPA的认证,主要针对胸水、腹水、脑脊液等样本,覆盖肺癌、乳腺癌、结直肠癌、淋巴癌等多癌种的检测,有效地提升病理医生对体液样本肿瘤细胞鉴别的灵敏度; 

 

 · 浚惠的创新标志物和单细胞DNA测序的临床应用,将推动CTC检测进入“转移早诊”的阶段,减少90%因肿瘤转移导致的死亡; 

 

 · 从女性宫颈粘液中捕获到胎儿单细胞,进行基于单细胞的无创产前筛查(Cell-based NIPT),未来临床价值可期。

 

优秀的产品背后是一支“国际视野+前沿技术+接地气企业家+产业链资源”的研发和管理团队,团队成员来自产业多个领域,彼此优势互补。 浚惠生物创始人阎灼辉拥有20年的跨国企业运营经验及广阔的国际视野;施奇惠教授掌握最前沿的单细胞多组学技术;李降龙有20余年IVD企业管理经验,专注加速IVD产品的产业化;范志强拥有丰富的医疗资源整合和投资孵化经验。

 

浚惠生物创始人兼CEO阎灼辉说:“未来10年,单细胞测序将成为临床常规检测项目的一部分,浚惠生物对Nature 2017年的预测深信不疑,并将不断探索和创造未来” 。 

 

单细胞测序技术的突破和产业化前景获得业界一直认可,除了科研领域的高通量单细胞RNA测序,更大的市场前景是目前正在逐步应用临床的单细胞DNA测序。PGS/PGD是第一个已进入临床生殖领域的单细胞DNA测序产品;第二个应用将是肿瘤单细胞DNA诊断。以浚惠生物为代表的国内创新企业,正是从单细胞DNA临床诊断的入口,与国际的同行齐头并进,开启肿瘤单细胞诊断STC (Single Tumor Cell Dx) 的新征程。 

 

期待并相信中国生命健康领域的单细胞技术创新公司乘风破浪,将单细胞DNA测序技术应用于临床,实现单细胞诊断,让“中国方案”为全球患者提供更早、更精准的诊断。

 
 

参考资料:

1. Jie He et al., Cancer incidence and mortality in China, 2014,Chin J Cancer Res(2018) 

2. Rebecca L. Siegel MPH et al., Cancer statistics, CA(2020) 

3. https://www.nature.com/articles/s41568-019-0180-2

4. https://doi.org/10.1186/gm247

5. https://www.cd-genomics.com/single-cell-dna-sequencing.html 

6. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3219072/ 

7. https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/blog/2018/interview-scdna-seq 

8. https://www.uib.no/node/71466/110907/klaus-pantel 

9. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4441954/ 

10. https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/blog/2018/interview-scdna-seq 

11. https://www.pnas.org/content/114/10/2544

 
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2020-08-26
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