单细胞DNA测序,开启NGS肿瘤单细胞诊断新征程
【导语】单细胞测序成为学术界公认的突破性技术同时,有一个问题正在被忽视。今年国内首个三代试管PGS检测试剂盒获NMPA批准,标志着单细胞DNA测序在临床首个应用产品的成熟。另外,在临床肿瘤领域,单细胞DNA测序正在赋能NGS液体活检,开启肿瘤单细胞诊断STC (Single Tumor Cell Dx) 的新征程。
图1:Nature特设单细胞专刊
(来源/Nature,浚惠生物)
2017年7月,Nature特设单细胞专刊,在其中的重磅综述文章中提到:未来10年,单细胞基因组学检测将成为临床的常规检测项目。目前,由于市场教育的滞后性,业界所称的单细胞测序往往指的是以10x Genomics代表的高通量单细胞RNA测序,而忽视了单细胞DNA测序;然而,前者仅应用于科研,后者在肿瘤及生殖单细胞DNA测序的临床价值及其潜力,是蕴含宝藏的蓝海。
近年,国际资本持续加码单细胞DNA测序。例如,今年1月,单细胞全基因组扩增技术公司BioSkryb获得1150万美元种子轮融资;8月,Mission Bio获得安捷伦和LabCorp等投资的C轮7000万美元,推动其靶向单细胞DNA测序和多组学检测平台。
在谈到单细胞DNA测序技术之前,我们先看看分子生物研究和应用的核心定律——中心法则。对于大多数生物来说,尤其是智人(Homo sapiens),如果说RNA是生命遗传信息的“传话筒”,DNA则是储存生命遗传的最原始信息。
图2:中心法则(来源/公开资料 )
单细胞测序,分为单细胞DNA测序(单细胞基因组测序)和单细胞RNA测序(单细胞转录组测序)。根据中心法则,蛋白的检测相当于检测盖好的楼房(功能单位),在组织和脱落细胞上,过去几十年来,已经发展了多达几百种检测蛋白的免疫组化和免疫荧光试剂获批,被广泛用于肿瘤的鉴定和分类;RNA检测就像检测在楼房和蓝图中间的“脚手架”阶段,DNA检测相当于检测盖房子的“蓝图”。
单细胞RNA转录组测序技术由汤富酬教授发明;随后以10x Genomics为代表的企业发明了高通量单细胞RNA测序技术。主流的高通量单细胞RNA全转录组预扩增技术,通过barcode拆分细胞时只能获取转录本3’端数据,只适用于分析基因表达量,检测较少数量的基因 (1000-2000个基因),不满足分析基因转录本全长。同时对于肿瘤组织, RNA检测用于诊断缺乏对应的“金标准”。因此,目前的单细胞RNA测序技术主要偏重于基础科学研究,在临床上应用受限。
而肿瘤单细胞的DNA检测和ctDNA的检测类似,都属于肿瘤的微量DNA检测,通过和“金标准”——肿瘤组织DNA检测的一致性对比,成为补充肿瘤组织检测的稀有DNA检测方法,应用于辅助诊断和伴随诊断等,近几年在临床上的应用不断获得FDA和NMPA认可。
图7:液体活检之父Klaus Pantel
图9:浚惠生物阎灼辉在克利夫兰
全球医学创新峰会上作单细胞测序报告
作为全球首批、国内首个应用单细胞DNA测序技术,并开始进入临床的肿瘤单细胞诊断公司,浚惠生物拥有领先的硬核技术和丰富的产品线。2019年10月,浚惠生物受邀参加克利夫兰诊所举办的全球医学创新峰会,并作为中国唯一一家企业上台分享,并与克利夫兰诊所达成了临床转化合作意向。众所周知,克利夫兰诊所的泌尿外科连续多年排名美国第一。
浚惠生物创始人兼CEO阎灼辉在会上提到:“单细胞DNA测序更贴近临床,特别是肿瘤单细胞DNA测序将进入新的快速发展阶段。”获得与会专家的认可。
图10:施奇惠研究员在PNAS发表的研究成果
图11:单细胞图像分析自动分离仪
· 尿液无创检测膀胱癌的产品已获NMPA认证,在解决膀胱癌、肾盂肾癌、输尿管癌等疑难病例的诊断中深受临床医生的欢迎,并将进一步突破膀胱癌无创筛查的难题,为全球膀胱癌的早诊、早治提供“中国方案”,产品目前已进入医院销售;
· 体液多癌种检测的试剂盒已完成NMPA的认证,主要针对胸水、腹水、脑脊液等样本,覆盖肺癌、乳腺癌、结直肠癌、淋巴癌等多癌种的检测,有效地提升病理医生对体液样本肿瘤细胞鉴别的灵敏度;
· 浚惠的创新标志物和单细胞DNA测序的临床应用,将推动CTC检测进入“转移早诊”的阶段,减少90%因肿瘤转移导致的死亡;
· 从女性宫颈粘液中捕获到胎儿单细胞,进行基于单细胞的无创产前筛查(Cell-based NIPT),未来临床价值可期。
优秀的产品背后是一支“国际视野+前沿技术+接地气企业家+产业链资源”的研发和管理团队,团队成员来自产业多个领域,彼此优势互补。 浚惠生物创始人阎灼辉拥有20年的跨国企业运营经验及广阔的国际视野;施奇惠教授掌握最前沿的单细胞多组学技术;李降龙有20余年IVD企业管理经验,专注加速IVD产品的产业化;范志强拥有丰富的医疗资源整合和投资孵化经验。
浚惠生物创始人兼CEO阎灼辉说:“未来10年,单细胞测序将成为临床常规检测项目的一部分,浚惠生物对Nature 2017年的预测深信不疑,并将不断探索和创造未来” 。
单细胞测序技术的突破和产业化前景获得业界一直认可,除了科研领域的高通量单细胞RNA测序,更大的市场前景是目前正在逐步应用临床的单细胞DNA测序。PGS/PGD是第一个已进入临床生殖领域的单细胞DNA测序产品;第二个应用将是肿瘤单细胞DNA诊断。以浚惠生物为代表的国内创新企业,正是从单细胞DNA临床诊断的入口,与国际的同行齐头并进,开启肿瘤单细胞诊断STC (Single Tumor Cell Dx) 的新征程。
期待并相信中国生命健康领域的单细胞技术创新公司乘风破浪,将单细胞DNA测序技术应用于临床,实现单细胞诊断,让“中国方案”为全球患者提供更早、更精准的诊断。
参考资料:
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10. https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/blog/2018/interview-scdna-seq
11. https://www.pnas.org/content/114/10/2544
在临床肿瘤领域,单细胞DNA测序正在赋能NGS液体活检,开启肿瘤单细胞诊断的新征程。